眾所周知，辦理出口退稅是有時間限制的。有些公司因報關單超期而錯過了規定的退稅申報期，申報時退稅審核系統顯示已過期不能辦理申報。那么，這些公司還能辦理出口退稅嗎？

根據《國家稅務總局關于 出口退稅 若干問題的通知》（國稅發〔2000〕165號）第一條規定，保稅區外的出口企業銷售給外商的出口貨物，如外商將貨物存放在保稅區內的倉儲企業，離境時由倉儲企業辦理報關手續的，保稅區外的出口企業可憑貨物進入保稅區的出口貨物報關單、倉儲企業的出口備案清單及其他規定的憑證，向稅務機關申請辦理退稅。

由于該《通知》同時規定，保稅區 海關 須在上述貨物全部離境后，方可簽發貨物進入保稅區的出口貨物報關單 。對保稅區海關在貨物離境后根據貨物進入保稅區的日期簽發出口貨物 報關單 ，可能造成出口企業申報退稅時超過退稅申報期而無法退（免）稅的問題。

國家稅務總局在《關于經保稅區出口貨物申報出口退（免）稅有關問題的批復》（國稅函〔2005〕255號）作出解釋性規定，對符合國稅發〔2000〕165號文件第一條規定的出口貨物，出口企業可以最后一批出口貨物的備案清單上 海關 注明的出口日期為準申報退（免）稅。

因此，上述公司可憑最近一份出口備案清單向出口退稅機關申請辦理出口退稅。